Ничего) Модули и плагины никак не зависят от шаблона, ну разве что будет скрипты с одинаковыми именами и прочее. Просто когда качаешь шаблон с модулями/плагинами - они просто созданны одним и тем ж человеком/компанией и подходят по оформлению. Ну это еслии грубо сказать)
Так же ты можешь поставить другой шаблон, но оставить тоже самое меню или допустим модуль для подписки. В нем нужно просто текстовое поле и кнопка, эти значения берутся из CSS. У тебя в каждой папке с шаблоном есть файл
css/template.css. Оттуда модуль подписки и берет значения для кнопки и текстового поля, ну или использует собственные. Часто в настройках модуля можно выбрать из какой css все это взять. Я с джумлой сам не долго